Az öntözőrendszerben a mágnesszelepeken keresztül áramlik be a víz az egyes zónák szárnyvezetékeibe, ahonnan a vízkijuttató eszközökön (spray szórófej, rotoros szórófej, csepegtető és mikroöntöző elemek) át jut el az öntözendő területre.
A szelepek lehetnek manuális vagy elektronikus működtetésűek, egy automata öntözőrendszerben azonban minden esetben elektronikus mágnesszelepeket alkalmaznak a rendszer nyitására és zárására. Amikor a vezérlő automatika elektromos jelet küld a mágnesszelep felé, akkor az kinyit és szabad utat enged a víznek a szórófejek felé. Miután a vezérlő automatika megszünteti a jel továbbítását a mágnesszelep felé, akkor az lezár és ezzel meggátolja a víz további áramlását. Az öntözőrendszerben minden egyes zóna külön mágnesszeleppel kell rendelkezzen. Lehetőség van egy mesterszelep használatára is, amit az összes zónaszelepet megtápláló, közös gerincvezetékbe kell beépíteni. Bármely mágnesszelepet kinevezhetünk mesterszelepnek, típuson belül műszakilag nincs különbség köztük, csupán egy plusz védelmi vonalat képez a szennyeződés vagy meghibásodás okozta szivárgással szemben.
